《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，

高冷傲娇的建筑系天才学霸李季，被异世界生物闇麒麟绑架到了一个叫魄念空间的秘境，秘境中是一片远古天庭的废墟遗迹，闇麒麟告诉他，想要回去必须得通过天道的考验，而这个考验就是重建天庭……